True branched nostocalean cyanobacteria from tropical aerophytic habitats and molecular assessment of two species from field samples

Aerophytic cyanobacteria are commonly found growing on rocks, tree trunks and soil, but the diversity of these organisms is still poorly known. This complex group is very problematic considering the taxonomic arrangement and species circumscription, especially when taking into account tropical populations. In this work, 20 samples of aerophytic cyanobacteria from 15 distinct sampling sites were collected along a tropical rainforest area at the São Paulo State (Brazil). Samples were dried at room temperature after the collection, and once in the laboratory, they were rehydrated and analyzed. The taxonomic study resulted in the record and description of nine species of true-branched cyanobacteria pertaining to the genera Spelaeopogon (one specie), Hapalosiphon (two species) and Stigonema (six species). The similarity of the flora found when compared to surveys conducted in other geographical regions was relatively low. These differences could be addressed to ecological conditions of the habitats, to the extension of the area surveyed or even to taxonomic misinterpretations. The molecular assessment of 16S rDNA on the basis of field material was successful for two morphospecies, Hapalosiphon sp. and Stigonema ocellatum; however, their relationships with other populations and species revealed to be uncertain. The results of the floristic survey and of the molecular approach evidenced the fragile delimitation of some genera and species in the true branched group of cyanobacteria.

Las bacterias aerofíticas crecen comúnmente en las rocas, troncos de árboles y el suelo, pero la diversidad de estos organismos todavía es poco conocida. Este complejo grupo es muy problématico considerando la disposición taxónomica y la circunscripción de las especies, especialmente cuando se toman en cuenta las poblaciones tropicales. En esta investigación, 20 muestras de cianobacterias aerofíticas de 15 distintos sitios de muestro fueron recolectadas a lo largo de un área de selva tropical en el estado de São Paulo (Brasil). Las muestras fueron secadas a temperatura ambiente después de su recolecta, y una vez en el laboratorio, se hidrataron y analizaron. El estudio taxónomico resultó en un registro y descripción de nueve especies de cianobacterias con ramificaciones verdaderas pertenecientes al género Spelaeopogon (una especie), Hapalosiphon (dos especies) y Stigonema (seis especies). La similutud de la flora encontrada en comparación con las encuestas realizadas en otras regiones geográficas fue relativamente baja. Estas diferencias podrían deberse a las condiciones ecológicas de los hábitats, a la extensión de la zona de estudio o incluso a malas interpretaciones taxonómicas. La evaluación molecular del 16S rDNA del material de campo fue un éxito para dos morfoespecies, Hapalosiphon sp. y Stigonema ocellatum, sin embargo, sus relaciones con otras poblaciones y especies revelan que son inciertas. Los resultados del estudio florístico y de la aproximación molecular evidencian la débil delimitación de algunos géneros y especies en el grupo de cianobacterias con ramificaciones verdaderas.

Variação biológica na interpretação dos resultados laboratoriais dos pacientes do IPEC portadores de AIDS /HIV / Biological variation in interpretation of the laboratory results of the AIDS/HIV patients in Evandro Chagas Clinical Research Institute (IPEC)/ Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ)

Introdução: Resultados de testes laboratoriais apresentam componentes de variação analítica, pré-analítica, bem como variação biológica. A utilização de dados derivados da variação biológica e analítica poderia detectar pequenas mudanças entre dois resultados sucessivos de um mesmo paciente, para analitos que tem um índice de individualidade (II) menor do que 0,6. Objetivo: Descrever as diferenças de resultados laboratoriais sucessivos dos pacientes portadores de AIDS/HIV atendidos no IPEC (Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas), utilizando a variação biológica e o coeficiente de variação analítica, com vistas à interpretação dos mesmos, comparando-os aos valores de referência populacionais. Métodos: Estudo seccional seriado ambidirecional de no mínimo 16 resultados laboratoriais consecutivos coletados em 2006 e 2007 de pacientes do Hospital–Dia e do ambulatório do IPEC; além de variáveis sócio-demográficas. As análises bioquímicas e eletrolíticas foram realizadas no Dimension – AR (Dade) e AVL (Roche) respectivamente, e as contagens hematológicas no XT (Sysmex). A análise estatística incluiu: a análise descritiva de dados sócio-demográficos e clínicos; o cálculo do valor de referência para a mudança entre os resultados através de dois cálculos (RCV – Reference Change Value) e do índice de individualidade para analitos hematológicos e bioquímicos. Através do Kolmogorov-Smirnov foi avaliada a qualidade do ajuste à distribuição normal dos índices de alerta obtidos pelos três métodos de julgamento, e, o teste de Mann Whitney ou t Student para comparar o desempenho dos mesmos em sinalizar uma alteração entre dois exames consecutivos (índice de alerta). Resultados: A inclusão de 26 pacientes (11 do Hospital – Dia e 15 do ambulatório) constituiu uma amostra de 20 homens (76,9 porcento) e seis mulheres (23,1 porcento); 12 brancos (46,2 porcento), três negros (11,5 porcento) e 11 pardos (42,3 porcento); a média de idade foi 37,8 anos (25 – 62 anos); todos faziam uso de medicamentos que não as drogas anti-retrovirais; a média da contagem de células CD4 e da carga viral no diagnóstico foram, respectivamente, 335 células/mm3 ( 6 a 674 células/mm3) e 232.535 cópias/ml (10.544 - 845.367 cópias/ml). Analitos com II menor do que 0,6: colesterol, creatinina, fosfatase alcalina, hemácias, hematócrito, hemoglobina, plaquetas, leucócitos, ALT (alanina aminotransferase) e triglicerídeos. O RCV apresentou melhor desempenho no monitoramento das mudanças em resultados consecutivos para: albumina (p = 0,04), cloro (p < 0,001), creatinina (p = 0,000), fósforo (p = 0,025), fosfatase alcalina (p = 0,01) e potássio (p < 0,001). O valor de referência populacional apresentou melhor desempenho para: bilirrubina total (p = 0,05), hemácias, hematócrito, hemoglobina, leucócitos, sódio (p< 0,001), e ALT (p=0,002). Conclusão: Nossos resultados evidenciaram adequado desempenho do RCV em monitorar mudanças em resultados seriados de alguns analitos utilizados no monitoramento dos metabolismos hepático e renal em pacientes com AIDS.

Introduction: Laboratory test results are influenced by pre-analytical, analytical and biological variations. Use of analytical and biological variation data has been proposed to detect subtle changes in consecutive tests results with index of individuality (II) smaller than 0.6.Objective: To study differences in consecutive laboratory test results of AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) /HIV (Human Immunodeficiency Virus) patients, comparing biological and analytical coefficient variations (CV) with population-based reference values. Method: Ambidirectional cross-sectional study of at least 16 test results collected in AIDS/ HIV subjects in day hospital and on outpatient treatment, between 2006 and 2007 at IPEC. Biochemical and electrolyte assays were performed using Dade Dimension – AR and Roche AVL, haemathology counts using XT(Sysmex). Frequencies were described for the following variables: sociodemographic and clinical data, reference change values (RCV) for results and warning indices, II to analytes in hematology and for analytes in biochemistry. Kolmogorov-Smirnov test was used to assess fitness of normal distribution to warning indices provided by the two methods. Mann Whitney or Student t test were used to compare percentual frequencies of altered results (warning indices) in both methods (RCV and population-based reference value). Results: Twenty six AIDS/ HIV subjects (11 in day hospital and 15 on outpatient treatment) has been included, with 20 male (76.9 percent) and six female (23.1 percent) subjects, of which 12 (46.2 percent) were white, three (11.5 percent) black and 11 (42.3 percent) mestizo. Mean age was 37.8 years (range 25-62), all subjects used antiretrovirals and some other kind of medication. Mean CD4 count at diagnosis was 335 cells/mm3 (range 6-674 cells/mm3) and viral load 232.535 copies/ml (10.544 - 845.367 copies/ml). RCV showed better performance than population-based reference values for monitoring changes between two consecutives laboratorial tests for the following analytes: albumin (p = 0.04), chloride (p < 0.001), creatinine (p < 0.001), alkaline phosphatase (p = 0.01), phosphate (p = 0.025), and potassium (p < 0.001). Population-based reference values showed better performance than RCV for ALT (p =0.002), bilirubin total (p = 0.05), RBC, hematocrit, hemoglobin (p < 0.001), leukocytes (p = 0.003) and sodium (p = 0.002). Conclusion: The present results demonstrate adequate performance for RCV at monitoring changes in serial results of certain analytes used to monitor liver and kidney metabolisms in AIDS patients.